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Master Sciences, Technologies, Santé
Mention Biologie moléculaire et cellulaire

M2-Microbiologie

PrÉsentation gÉnÉrale

Ce parcours, qui propose cinq thématiques, forme les étudiants aux enjeux les plus innovants de la microbiologie dans les domaines de la santé, de l’environnement, de la compréhension des écosystèmes, de la gestion des risques, de la valorisation des microorganismes ou de la conception de nouvelles stratégies de surveillance et de lutte contre les pathogènes. Il s’appuie sur l’acquisition des concepts fondamentaux et des compétences opérationnelles propres à chacun des secteurs concernés (bactériologie, virologie, parasitologie, mycologie) et sur le développement d’une expertise transversale dans les autres secteurs de la biologie dont elle relève (immunologie, écologie, biochimie, génétique, biologie cellulaire). En intégrant des modules de connaissance de l’entreprise, les parcours peuvent être construits de façon à favoriser l’acquisition de compétences transverses dans le domaine du management, de l’innovation ou de la valorisation par exemple.
Selon les thématiques et la nature du stage obligatoire, ce parcours ouvre à la poursuite d’étude (doctorat ou double-cursus) ou à une insertion immédiate dans le monde professionnel dans les domaines de la santé, de l’environnement, des biotechnologies, ou encore de l’agroalimentaire (cadres R&D, activités d’expertise et de conseil, responsables qualité, ...).

Publics

Etudiants universitaires, médecins, pharmaciens, vétérinaires et élèves ingénieur ayant suivi un cursus de master (M1) en biologie ou une formation équivalente.

PrÉrequis

Le parcours est ouvert à des étudiants ayant des bases solides en sciences du vivant (notamment en biologie cellulaire, en biochimie, en génétique et en immunologie) et qui souhaitent rejoindre les secteurs de la recherche académique ou appliquée, l’enseignement supérieur ou occuper des postes de cadre dans les secteurs d’activité dans lesquels la microbiologie occupe une place prépondérante : industries de la santé ou ayant un fort impact environnemental, biotechnologies, valorisation, conseil, communication scientifique…
Les étudiants scientifiques inscrits dans la mention "Biologie moléculaire et cellulaire" de master sont invités à suivre en M1 deux unités de microbiologie ou bien une unité en microbiologie associée à un stage dans ce domaine.

Objectifs pÉdagogiques

 Le parcours comprend quatre thématiques de formation par la recherche ("Microbiologie-Bactériologie", "Virologie", "Parasitologie-Mycologie" et "Microbiologie-Environnement-Santé") et une thématique en alternance par la voie de l’apprentissage ("Qualité-Environnement-Sécurité sanitaire").
Selon les thématiques et la nature du stage obligatoire, ce parcours ouvre à la poursuite d’étude (doctorat ou double-cursus) ou à une insertion immédiate dans le monde professionnel dans les domaines de la santé, de l’environnement, des biotechnologies, ou encore de l’agroalimentaire (cadres R&D, activités d’expertise et de conseil, responsables qualité, ...).

ThÉMATIQUES de formation par la recherche

  • Microbiologie-Bactériologie  (en collaboration avec les Universités Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que l'Institut Pasteur) - Contacts : (co-responsables PU Guennadi SEZONOV et PU-PH Alexandra Aubry) Guennadi Sezonov (guennadi.sezonov @ sorbonne-universite.fr) et Alexandra Aubry (alexandra.aubry @ sorbonne-universite.fr)

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  • Virologie (co-responsable PU Vincent MARECHAL)

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Objectifs spécifiques : Les thématiques de formation par la recherche forment les étudiants aux outils les plus performants de la recherche scientifique en microbiologie et dans les disciplines connexes. Les thématiques sont conçues de façon à former les étudiants (1) à établir un état des connaissances sur une thématique de recherche spécifique (analyse bibliographique – production d’une revue publiable), (2) à imaginer un axe de recherche original, (3) à identifier les moyens logistiques (technologiques, humains et financiers) requis pour traiter une question scientifique originale (formation à la rédaction d’un projet de recherche), (4) à mettre en œuvre un projet de recherche en laboratoire (stage pratique) et (5) à analyser, mettre en forme et présenter des résultats originaux en français et en anglais (présentation orale, formation à la rédaction d’articles originaux) à un public expert ou non-spécialiste.

Organisation : Les thématiques de formation par la recherche comprennent des unités d’enseignement théorique (30 ECTS) et un stage pratique (30 ECTS – 6 mois) qui peut être réalisé dans le secteur public ou en entreprise. La plupart des sujets de stage sont adressés par les laboratoires partenaires au comité pédagogique, validés et présentés aux étudiants. Ils peuvent être réalisés partout en France ou à l’étranger. Par ailleurs, les étudiants sont invités à engager eux-mêmes une recherche de stage très dynamique. Les sujets devront de la même façon être obligatoirement soumis à l’approbation des responsables pédagogiques des thématiques.

L’UE de projet scientifique (MU5BM091, 6 ECTS) est le plus souvent un cycle de conférences à l’issu duquel les étudiants doivent être en mesure de concevoir et de proposer un projet de recherche scientifique sur une problématique innovante. L’UE de spécialisation (12 ECTS) permet d’acquérir les concepts spécifiques de la thématique. Ces UE, sous forme de cours et de conférences, permettent de réunir des chercheurs et enseignants-chercheurs qui ont une expertise internationale reconnue dans les secteurs considérés. Elle peut s’appuyer également sur des travaux pratiques de très haut niveau. L’UE d’analyse scientifique (MU5BM051, 6 ECTS) forme les étudiants à la réalisation d’une revue de synthèse scientifique, qui donne lieu à un séminaire public et à la rédaction d’une revue (anglais ou français) selon les standards scientifiques. Réalisée par petits groupes sous la direction d’un tuteur expert du domaine, cette revue donne parfois lieu à une publication dans une revue d’audience nationale. Les UE d’ouvertures (6 ECTS), choisies individuellement sur les conseils des comités pédagogiques, permettent d’acquérir des aptitudes méthodologiques ou de nouvelles connaissances visant à renforcer la construction individuelle du parcours professionnel.

Descriptif des ThÉMATIQUES de formation par la recherche :


Thématique "Virologie" (en collaboration avec les Universités Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que l'Institut Pasteur) - Contact : Vincent Marechal (vincent.marechal @ sorbonne-universite.fr)
Associant virologie fondamentale, biologie cellulaire et structurale, génétique et immunologie, cette thématique se propose de mieux faire comprendre les virus afin de développer les stratégies qui devront être opposées au défi que représentent les infections persistantes (VIH, hépatites B et C, herpesvirus, ...), les infections transformantes (cancers associés aux virus), l’éradication des infections anciennes (poliomyélite) et la lutte contre les nouvelles infections dites émergentes (SRAS, arboviroses émergentes, etc). Les stages sont réalisés dans des laboratoires de recherche proposés par le comité pédagogique, ou sur proposition des étudiants après validation par le comité pédagogique. Deux options "Virologie fondamentale" (Cours Pasteur) ou "Virologie moléculaire et médicale" sont proposées.

Thématique "Microbiologie-Bactériologie" (en collaboration avec les Universités Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que l'Institut Pasteur) - Contacts : Guennadi Sezonov (guennadi.sezonov @ sorbonne-universite.fr) et Alexandra Aubry (alexandra.aubry @ sorbonne-universite.fr)
Il s'agit d'une formation par et à la recherche qui vise à faire acquérir les concepts, les approches et les technologies de la microbiologie moderne. Cette thématique est ouverte aux étudiants qui souhaitent acquérir une formation de très haut niveau dans le domaine de la bactériologie sous un angle fondamental (option "Microbiologie fondamentale-Cours Pasteur") ou à travers l’étude des bactéries d’intérêt médical (option "Bactériologie moléculaire et médicale"). Plus spécifiquement, sont abordées les notions de biodiversité, de régulation de l’expression génétique, de relations hôtes-pathogènes, les mécanismes de pathogénicité, etc. Les microorganismes étudiés sont d’une part, des bactéries pathogènes pour l’homme (Listeria, Mycobacterium, Streptocoques et Neisseria), des flores commensales ainsi que des bactéries modèles (E. coli et B. subtilis). Les stages sont réalisés dans des laboratoires de recherche.

Thématique "Parasitologie-Mycologie" - Contacts : Valérie SOULARD : Valerie Soulard (valerie.soulard @ sorbonne-universite.fr)et Christophe HENNEQUIN : Christophe Hennequin (christophe.hennequin @ sorbonne-universite.fr)
Cette thématique forme des chercheurs ou des cadres en charge de la lutte contre les maladies parasitaires et fongiques, humaines ou animales. Cette formation passe par une meilleure connaissance, au niveau cellulaire et moléculaire, du pathogène (parasite ou champignon), du phénomène parasitaire et des interactions hôte-pathogène, qui est la base indispensable aux parasitologues et aux mycologues fondamentalistes ou plus impliqués dans une démarche clinique, diagnostique, thérapeutique ou encore dans des actions de valorisation. Elle permet de mieux appréhender la physiopathologie des maladies parasitaires et fongiques et d’aborder les stratégies vaccinales et thérapeutiques. Les stages sont réalisés dans des laboratoires de recherche proposés par le comité pédagogique ou sur proposition des étudiants après validation par le comité pédagogique.

Thématique "Microbiologie-Environnement-Santé" (en collaboration avec le Muséum National d’Histoire Naturelle) - Contact : joux@obs-banyuls.fr (joux @ obs-banyuls.fr)et  C. Bernard cbernard @ mnhn.fr
L’étude des microorganismes de l’environnement, leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes, leur impact en santé humaine et leur potentiel de valorisation biotechnologique est plus que jamais d’actualité. La thématique "Microbiologie-Environnement-Santé" vise à répondre aux demandes grandissantes des laboratoires académiques et des entreprises dans des domaines variés comme la recherche fondamentale, la valorisation des microorganismes dans l’industrie, les écotechnologies, l’évaluation du risque sanitaire dans l’environnement en général et dans les milieux aquatiques en particulier, le diagnostic environnemental, l’analyse de l’anthropisation des milieux, ... Cette thématique s’appuie sur des connaissances et des compétences dispensées en écologie microbienne, en écotoxicologie, en biochimie, en biologie moléculaire, en bioinformatique et en chimie. Les stages sont réalisés dans des laboratoires de recherche académiques ou en entreprise. Ils sont proposés par le comité pédagogique ou par les étudiants après validation par le comité pédagogique.

Partenariat

La force de cette formation s’appuie notamment sur (1) des partenariats privilégiés avec les Universités Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que l’Institut Pasteur (parcours "Microbiologie-Bactériologie" et "Virologie"), le Muséum National d’Histoire Naturelle  (parcours "Microbiologie-Environnement-Santé) et le CFA des Sciences (parcours "Qualité-Environnement-Sécurité sanitaire"), (2) l’accès à des plateformes technologiques de premier ordre (Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-mer, Muséum National d'Histoire Naturelle, Institut Pasteur, …), (3) l’existence d’un réseau de laboratoires experts en France et à l’étranger et (4) les relations privilégiées nouées avec les entreprises des secteurs concernés.

formation en apprentissage par la voie de l’alternance

 Thématique "Qualité-Environnement-Sécurité sanitaire" (QUESS) (en collaboration avec le CFA des Sciences)
Contact : Jean-Pierre Grill
(Jean-pierre.grill @ sorbonne-universite.fr)

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Objectifs spécifiques : Accessible en M1 ou en M2, la formation permet de répondre aux attentes des entreprises et des collectivités souhaitant faire appel à des expertises transversales en matière de qualité et de gestion des risques. Cette expertise repose notamment sur la capacité à analyser, maîtriser, prévenir et gérer les risques en respect des législations et des normes en vigueur. La thématique se propose donc de former par la voie de l’apprentissage, des cadres polyvalents - de formation scientifique - capables de répondre à tous les enjeux de la qualité
et/ou susceptibles d’animer des projets de recherche & développement en relation avec la sécurité sanitaire et l’environnement.


Organisation : La thématique de formation par la voie de l’alternance forme les étudiants à la gestion de projets en entreprise, dans le domaine de la qualité et/ou de la gestion des risques. Cette thématique apporte conjointement une formation scientifique large (microbiologie, toxicologie, biostatistiques, veille et analyse documentaire) et des connaissances transversales en management de la qualité, gestion des risques, économie de l’entreprise, gestion de projet, création d’entreprise, anglais et communication (écrite ou orale). Ces connaissances sont valorisées par le jeu de l’alternance (15 jours de présence à l’université - 15 jours de formation en entreprise).

 


Partenariats
 : La thématique en apprentissage QUESS est conduite en collaboration avec le CFA des Sciences (une des 25 écoles de la Chambre de Commerce et d’Industrie Région Paris Ile-de-France). Il s’appuie sur un réseau d’entreprises très large intervenant dans le domaine de la santé, de l’environnement, du secteur agro-alimentaire ou de la grande distribution, mais également de la sûreté nucléaire, de l’industrie automobile, etc.

Contacts

Responsables pédagogiques  :
Docteur Jean-Pierre Grill
Jean-Pierre Grill (jean-pierre.grill @ sorbonne-universite.fr)
Professeur Guennadi Sezonov
Guennadi Sezonov
(guennadi.sezonov @ sorbonne-universite.fr)

Secrétariat pédagogique :
Carine Joseph :  sciences-master-bmc-pedago1 @ sorbonne-universite.fr (01 44 27 35 35)
Secrétariat pour le parcours QUESS :  (01 44 27 47 76)

Adresse :
Sorbonne Université
Département de formation "Biologie moléculaire et cellulaire"
Master "Sciences, Technologies, Santé"
Tour 33/34, 1er étage, pièce 111, 4 place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05
sciences-master-bmc @ sorbonne-universite.fr

14/06/19

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